歯周病の原因は歯垢（プラーク）の中の「細菌」です。歯を磨かないで時間がたつとネバネバした汚れが歯の表面や歯と歯肉の間にたまってきます。

ネバネバした物質を出しながら細菌はバイオフィルムという集団を作ります。この集団は周りから免疫の影響を受けづらくとても厄介です。
このようにして歯の周りにバイオフィルムが形成されどんどんと細菌が増えてくると、人体の組織に悪さをする嫌気性菌が増えます。嫌気性菌は酸素を嫌う性質があります。

バイオフィルムが大きくなり、歯肉の溝の深い部分まで達すると嫌気性菌にとって過ごしやすい環境ができてしまいます。嫌気性菌は血液中のタンパク質や鉄を栄養源としています。
そのため歯肉の組織を破壊して出血させようとします。このようにして歯周病が始まります。

攻撃された体は細菌と戦うために免疫細胞を出します。歯周病の細菌と免疫細胞が戦った結果「炎症」として現れます。歯ぐきが赤くなるのはこれが理由です。また歯周病になっていると疲れたり、体の免疫力が低下したりしたときに歯肉が腫れることがあります。

これは細菌と免疫のバランスが崩れることが原因と考えられています。細菌が歯肉の奥に入ってくると、免疫細胞はより強力な防御をするために「サイトカイン」という物質を出します。
このサイトカインは、骨を溶かす細胞を活性化する役割もあります。そのため歯周病が進むと、歯肉の周りの骨がどんどん溶けていきます。